《起信论》还指出：
生灭因缘者，所谓众生依心、意、意识转故。此义云何？以依阿梨耶识说有无明。不觉而起、能见、能现、能取境界、起念相续，故说为意。[2]
一切生灭现象，都是众生依止心、意、识三类精神现象辗转生起：依阿梨耶识而起“不觉”之业相，依不觉之业相而起“能见”之转相，依能见之转相而起“能现”之现相。“能取境界”是能取现识所现境界的智相。“起念相续”是依能取境界的智相，于所取境界生起各种念头的相续相。这五种相辗转相生，因此叫做“意”。此“意”又有五种名称。一者名为“业识”，即依止根本无明的力量，使“不觉”妄心起动。二者名为“转识”，即依止前“业识”的动心，转成“能见”之相。三者名为“现识”，即依止前“转识”之相，“能现”一切境界。四者名为“智识”，由转识的能见作用，而有现识的一切境界，内心与外境相接触，而起分别染净的心就是智识。五者名为“相续识”，每一智识分别的染净、善恶，都构成一种影像留于心识中。念念相应不断，能使已经过去之事，现在忽然起念；对未来之事，不觉而生种种妄想。
《起信论》认为，“意识”是由于“相续识”(一念接着一念相续不断之识)，计度“我和“我所”而起种种妄执。随顺攀缘，对色声香味触法六种认识对象逐个加以认识。此意识依于六根，别取六尘，故名“分离识”。又此识能分别过去、未来、内外种种事相，故又名“分别事识”，它是依仗见烦恼和爱烦恼而逐步增长起来的。
是故三界虚伪，唯心所作。离心则无六尘境界。[3]
三界的一切虚幻不实，唯是如来藏一心之所造作。离开了一心，就不会有三界六尘的种种实在境界，这是因为：
一切法皆从心起妄念而生。一切分别，即分別自心。心不见心，无相可得。当知世间一切境界，皆依众生无明妄心而得住持。是故一切法，如镜中像，无体可得，唯心虚妄。以心生则种种法生，心灭则种种法灭故[4]。
一切法都是由心起妄念而辗转生起，所以一切心的分别只不过是自心分别自心。世间一切境界都是由于人们的无明妄心而得以执着。因此，一切法如同镜中的人像，没有自体可得，只是如来藏心的虚妄显现。因为心生则种种法生，心灭则种种法灭。
《起信论》将染心分为六种。一是“执相应染”，指执着心外有法。二是“不断相应染”，指分别法执，相继生起不断。三是“分别智相应染”，指能分别世间、出世间诸法染净之智。四是“现色不相应染”，指依根本无明而熏动净心，以示现境界色相，犹如明镜能示现诸色相。五是“能见心不相应染”，指由根本无明一念动心，转成能见之相。六是“根本业不相应染”，指由根本无明力不觉心动而起业。
以依染心，能见、能现，妄取境界，违平等性故。以一切法常静，无有起相，无明不觉，妄与法违，故不能得随顺世间一切境界种种相故[5]。
因为“烦恼碍”依止“根本业不相应染”(染心)、“能见心不相应染”(能见)、“现色不相应染”(能现)和三相应染心，妄取境界而有能所对待差别，与真如平等根本智无能所差别相违背。世间的一切诸法，本来常住寂静，无有起灭之相。由于无明不能觉知法性本寂的道理，生起妄念与法性相违背，以致于不能随顺真理，对世间一切境界的差别业相，不能有如实之知。
《起信论》的迷失论，从染污的生灭缘起而言，是依心起意，依意起意识，展现人的心性作用。根据这种理论，只要把生灭心中的染污减遣涤除，本觉真心即可显现。《起信论》在迷失论上有着细致缜密的思考。禅宗思想深受其影响，主要表现在以下几个方面。
1．随缘显现的心生灭门
《起信论》立一心二门，心真如门恒常不变，心生灭门随缘显现。心性的作用是随缘不变，不变随缘。真如之体虽恒不变异，而随缘生出万有，成为悟迷净染的存在；虽触所缘而显现万有，然其本体不变。参究一心二门，对禅修实践有着重要的指导意义。宗密认为，掌握这种理论，可以使禅者提高教理的修养，避免盲修暗证：
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