内容提要：本文首先从唯识学的角度对种子的理论进行了深入系统的探讨，种子理论思想的建立，阐明了宇宙诸法产生的起因，一切诸法的现象皆由种子而生起。同时，说明了善种子生善果，恶种子生恶果，种子生现行，现行熏种子因果循环不灭的道理。
前言
从佛教哲学的角度来看，宇宙间一切万法不外乎缘起和缘生的两大道理。所谓缘起，就是说明诸法的起因；所谓缘生，就是说明诸法的现象。而诸法的缘起，就是说明一切事物现象的产生必有其因，佛说无一法非因缘生，所以说，这宇宙万有诸法不同的现象，完全是因缘的组合。然而，宇宙诸法既然是因缘所生，那么，它是怎样生起的?又谁能够真正作为诸法的亲因者?这是很多学者都无法解答的问题，但是唯识学者认为，能为诸法的亲因者，就是阿赖耶识中的“功能差别”。所谓功能差别者，就是种子；也就是种子的一种力量和作用。所以色法中的山河大地，心法中的见相二分，皆是阿赖耶识的功能种子的力量和作用生起的。不过种子生起的诸法，不同于外道认为的一因而生多法；或由多因而生一法。而是由各各不同的种子，生起各各差别的现象。就是说一法的生起，必有一法的自己种子为因。而这一法的种子，唯限于这一法的亲因，决不可为它法的亲因。所以说，所谓种子，就是本识中能亲生自果的功能差别，此功能差别的因，是根据人们无时以来的善恶行为而形成的。
一、种子名义的成立
种子说的成立，是唯识学的一个重要点。因为要建立三世轮回，建立因果循环不灭，就必须要成立一法，以联系过去现在未来，使其不断。同时又要说一种行为业力的保存，不论保存到什么时候都不会失去他的效能。从这点上，也可以除去恶种子而增长善种子，是转凡成圣的要点，因此种子就产生了。阿赖耶识的似一似常的自体安立，也是从这个观点上成立的。
种子是什么呢?所谓种子者，就是第八阿赖耶自体中所具有的一种能够生起诸法的功能。即一切有漏无漏的色心诸法，皆是从第八阿赖耶识中的种子现行生起。此第八阿赖耶识中生果的功能曰种子。也就是第八识自体分中有能够生起色心诸法之力量和作用的种子，犹如稻麦等种子能生芽叶，从喻立名，名为种子。若从其自体立名，则名为功能。所生色心诸法，从本识之种子中而生起现行，名之为现行。即未生起现行，故喻名种子。如《成唯识论》云：“此中何法名为种子，谓本识中亲生自果功能差别。”［1］即从各自种子生起各自现行，故亲生自果。色心诸法种子各各差别，同时其功能亦各各差别，故云功能差别。如是所谓种子者，能也，力也，用也。因此世间一切万法皆从此起。于此有三义说明：一、种子为力，非色非心；二、力遍宇宙，故种子亦遍宇宙。一念起用，宇宙森然，种子无尽，宇宙亦无尽。三、种子无长短大小之分，现行起时，相由见带，故识心分别一生，即摄全宇宙，无一物不含摄，亦无一处不摄法界。
二、种子产生的三种异说
人生的生命，宇宙的万有，既有由各自的善恶种子而变现，但是这些善恶无记的种子是怎么来的呢?关于种子的产生这个问题，慈氏菩萨在《瑜伽师地论》卷三十五中说：
云何种姓?谓略有二种：一本性住种姓；二习所成种姓。本姓住种姓者：谓诸菩萨六处殊胜有如是相，从无始世展转传来法尔所得，是名本住种姓。习所成种姓者：谓先串习善根所得，是名习所成种姓。［2］
在无著、世亲时代都无异见。到了世亲死后，诸师兴起了种种诤论，这里约举三种异说：
1护月论师主张本有说。他认为第八阿赖耶识中所藏的一切有漏无漏的种子，皆由无始时来，法尔本来具有。并非从其它能熏之熏习而有。在经论中言有能熏法熏习有者，是说这能熏的法，熏习这本有的种子，令生起增长；不是说这所熏之法，能于本有种子以外，可另熏生新的种子。所以种子仍是本有，没有新熏。因此，护月论师为成立本有的主张，并引用经文来证明一切有漏无漏种子皆是本有。如《成唯识论》云：“一切种子皆本性有，不从熏生，由熏习力，但可增长。”［3］若依无漏种子本有说，如云：“人人皆有佛性，人人皆可成佛”的佛性，本来具有。此种佛性即是本有无漏种子，通常说的佛种。又《无尽意经》云：“一切有情，无始时来，有种种界，如恶叉聚，法尔而有。”［4］此中说的‘界’即是种子，种种界就是种种种子，这些种子是无始而具有的，不是新生的。又《阿毗达磨大乘经》云：“无始时来界，一切法等依。”［5］谓由无始来的种子，为一切法平等所依，然后生起现行。又《瑜伽师地论》云：“诸法种子体，无始时来，性虽本有，而由染净，新所熏法。”［6］由此，以上依据经论说明，诸法种子，唯有本有；并且说明唯一本有种子，后生现行果法，可无杂乱。若说更有新熏种子，则新熏法尔，功能相等，有生不生杂乱等过失。所以，他认为种子唯是本有，而非新熏。
2难陀论师主张新熏说。他认为一切有漏无漏的种子，皆由无始时来，法尔从现行熏习新生，非本来具有。就是说，种子不是原来就有的，都是互相熏习起来的。如说我们怎样会有佛性种子呢?这就要有多闻熏习，听闻正法，依法修行，如此熏习而成佛种子增长。如培养善的种子，消除恶的种子，乃至最后成为纯善品的无漏种子。所以说一切种子都是新熏起来的。若是本有的，就无须熏习了，无须用功修习了。如《多界经》云：“诸有情心，染净诸法，所熏习故，无量种子之所积集。”［7］又《成唯识论》亦云：
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