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种子皆熏故生，所熏能熏俱无始有，故诸种子，无始成就。种子既是习气异名，习气必由熏习而有，如麻香气，花熏故生。［8］
这是说，能所熏法是本有的无始的，而种子却是熏习所生的。又《成唯识论》云：
“内种定有熏习，外种或有或无。闻熏习闻净法界，等流正法，而熏习起故。”［9］
由此，难陀论师依据这些经论说明，种子唯是新熏而有，而非本有。
3护法论师主张本有始起并有说。他认为诸法能够生起现行的种子，是有两种：一本有；二新熏。所谓无始时来于本识中所摄藏的法尔能生一切法的功能差别，是名本有种子，亦名本性住种。又无始时来，从种子生起的现行诸法，依七转识的作用，再熏习其气分于第八识中，更成彼识后时生果功能，而为始起(新熏)种子，是新熏种子，亦名习所成种。此本有、始起二类种子，生起诸法的现行，是相待生起。亦有唯从本有种子生起者，如在见道最初刹那现起无漏智，但是，一般来说，都是本有、新熏两类种子相待相助而生起现行的，并不是单一的能生起现行；若说本无有种子，则无始创生之现行，便成无因；若说无新熏种子，则现行生起时，没有习气续流，亦不应理。所以，护法论师主张的本有、新熏两类种子，皆应成立。以上三说中，护法本有、新熏并建立，折中至当。由本有义成立故，见道最初刹那现起之无漏智，得以创生现行。由新熏义成立故，现行识能熏新种。此新种者，实即现行识的余势不绝者，所谓习气也。而现行识熏习生起新种子时，藏伏于阿赖耶识中一切本有种子之性类相同者，亦同时受其熏发而增长。故本有种子亦受现行识所生习气之影响。因此，一切种子，无论是本有、新熏，通得名之习气。
三、种子体性存在的重要性
种子的本体是什么?如《成唯识论》云：“此中何法名为种子?谓本识中亲生自果功能差别。”［10］这是说明在第八阿赖耶识中，含有直接为因而能生起自类果的功能(种子)。这“功能”是种子的别名，同时，也是指出种子的特性，哲学上叫做可能性，或曰性能。能是含有力量和作用的意思。如谷种子虽是小小的一粒，在未被损坏以前，这一粒谷种子就有生芽的可能性，含有那些庞大茎叶的性能。若谷种子被损坏了，则失其生果的可能性。我们心识上因有种种的行为活动，这些活动留下很多痕迹(习气)在心田之中，此习气在心中是不会消失的。这些行为的种子能生自果，故名功能。如《瑜伽师地论》建立七因，《摄大乘论》及《成唯识论》以此建立六义而显种子的本性：
(一)刹那灭：即种子本身是刹那生灭的，所谓刹那生灭，就是才生即灭，灭已即生。一期生灭，如人之生与死，我们可以看到，而一刹那的生灭过程，不是我们所能见到的。本来任何一种东西，都是时时刻刻在那里生灭变动，但是我们看不见他动，因为它那即生即灭的速度很快，很微细的。一件事物，所以要变坏，终归之无常，就是因为它本身时刻在变动着，在生灭着；否则，没有生灭相，则事物就会常住不坏了。换句话说，人就永远不会老，也不会死了。种子是有为性，故它本身的条件，要刹那生灭。假如不是刹那生灭，则不能起变化作用。其次，种子必具特胜功能性，以生起自果，如谷种子若不能变为芽，那就不成为种子了。此遮大众部等立无为缘起，正量部立长时四相，又外道以自性神我等为诸法因，大乘一师以真如为诸法因。《成唯识论》云：
谓体才生，无间必灭，有胜功力，方名种子。此遮常法，常无转变，不可说有能生用故。［11］
(二)果俱有：这是说在现行果法上并没有失去种子的性能，而且二者是不相分离的。如谷种子生了芽茎枝叶花蕊，原在地下的那粒种子虽然坏了，但是种子的性能并不是没有的，种子的功能是和那正在发展的芽茎叶枝等和合为一体。不过你只见是茎叶，而不能见种子罢了。其实，这叶茎枝就是芽种子的扩大，就是芽种子的本身发展。换言之，种子就是芽叶茎的收缩罢了。故种子在这阶段上，和芽茎等是同时现起的，种子的本身决未消失。心识外的种子与现行法如此，我们人生的现行业果和能招感的业种子的关系也是如此的，所以说现行与种子是和合不分的。现在人身生命是现行法，此生命是由过去的业种子而招感的。这业种子的功能，在入母胎时，种子就渐渐变化成为现行法。变的时间即是渐渐地增长，渐渐地长大，就是种子现行同时义。即是说明要种子望于现行果，不是同类法，互不相违，能在一身中，有俱时现在能生的作用。此遮经量部等因果异时；又外道计执从他身大自在天生一切有情等。然而，就此种子生现行论，若种子自类相生，无畏俱有义。《成唯识论》云：
谓与所生现行果法，俱现和合，方成种子。此遮前后及定相离，现种异类互不相违。一身俱时有能生用，非如种子自类相生，前后相违，必不俱有。虽因与果有俱不俱。而现在时可有因用。未生已灭无自体故。依生现果立种子名，不依引故，但应说与果俱有。［12］
(三)恒随转：这说明种子随现行法的时间性。谓种子要长时一类相续，无转易，无间断。然而诸法中恒时相续者，唯第八阿赖耶识。所以要恒时随此能持的第八识转起，一类相续，方为种子。即种子随现行法转变与现行法一类相续，至究竟位。在外种上说，就是要结成果实的时候为止。在内种现行上说，就是至招感异熟报尽的时候为止，或说至对治道生起时，才是究竟位。依无漏道说，就是要成佛的时候，方名究竟道。此遮七转识及色法，转易间断，不得为种子。《成唯识论》云：
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